Theo điều tra dân số năm 2002, Kitô giáo chiếm khoảng 84% dân số của Uganda.[6] Giáo hội Công giáo La Mã có số lượng tín đồ đông nhất (41,9%), tiếp theo là Anh giáo (35,9%). Phong trào Ngũ Tuần chiếm phần còn lại của dân số Kitô giáo. Các tôn giáo tiếp theo của Uganda là Hồi giáo chiếm 12% dân số, chủ yếu là người Sunni. Còn lại theo các tôn giáo truyền thống (1%), Bahá'í (0,1%), các tôn giáo khác (0,7%), hoặc không theo tôn giáo (0,9%).

Dân số phía Bắc và khu vực Tây sông Nile chủ yếu là Công giáo, trong khi các huyện Iganga ở phía đông Uganda có tỷ lệ cao nhất của người Hồi giáo. Phần còn lại của đất nước là một sự kết hợp của các cộng đồng tôn giáo.[7]

Trước khi xuất hiện các tôn giáo như Kitô giáo và Hồi giáo, tín ngưỡng bản địa truyền thống đã được thực hành như là một tín ngưỡng duy nhất. Thậm chí ngày nay trong thời gian đương đại, việc thực hành tín ngưỡng bản địa là rất phổ biến ở một số vùng nông thôn và đôi khi được pha trộn với các nghi lễ của Kitô giáo và Hồi giáo.